В рамках реализации требований Федерального закона от 21.07.1997 № 117-ФЗ «О безопасности гидротехнических сооружений» и Федерального закона от 21.12.1994 № 68-ФЗ «О защите населения и территорий от чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера», а также постановления Правительства РФ от 06.11.1998 № 1303 «Об утверждении Положения о декларировании безопасности гидротехнических сооружений» в ФГБУ «Управление «Алтаймелиоводхоз» завершена декларационная кампания, в ходе которой оформлены декларации безопасности на опасные гидротехнические сооружения, находящиеся в оперативном управлении учреждения, и получены соответствующие разрешения на их дальнейшую эксплуатацию в органах Ростехнадзора.
В оперативном управлении ФГБУ «Управление «Алтаймелиоводхоз» находятся 5 опасных гидротехнических сооружений (ГТС Бешенцевского водохранилища на р. Малая Черемшанка, ГТС Больше-Черемшанского водохранилища на р. Большая Черемшанка, ГТС Колыванского водохранилища на р. Бутун, ГТС Логовского водохранилища на р. Чесноковка, ГТС Шипуновского водохранилища на р. Клепечиха) и ГТС Гилевского гидроузла на р. Алей — высокой степени опасности.
В настоящее время завершается работа по корректировке Правил эксплуатации гидротехнических сооружений, на которые органами Ростехнадзора выданы разрешения на дальнейшую эксплуатацию.